La procedura di decontaminazione deve essere effettuata in un ambiente o spazio dedicato. È un’operazione che precede la detersione vera e propria del dispositivo ed ha lo scopo di allontanare la maggior parte del materiale organico presente sulla sua superficie. La decontaminazione viene effettuata immergendo i dispositivi in una soluzione contenente agenti chimici (in modo che il materiale organico, e il suo eventuale carico microbico venga ridotto.